|
|
Turnerův syndrom a jeho souvislost s inaktivací chromozómu X
Kašíková, Lenka ; Schierová, Michaela (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Turnerův syndrom (TS) je genetické onemocnění žen s celosvětovou frekvencí výskytu 1:2 000. Jeho příčinou nemusí být pouze monozómie chromozómu X (45,X), nýbrž i mozaikový karyotyp (45,X/46,XX; 45,X/46,XY; 45,X/47,XXX), izochromozóm X (46,X,i(Xq)), ring chromozóm X (45,X/46,X,r(X)) nebo další strukturní aberace chromozómu X (delece a translokace). U pacientek s TS (s výjimkou pacientek s ring chromozómem) není diagnostikována mentální retardace. TS úzce souvisí s regulací exprese genové dávky, především s procesem inaktivace chromozómu X. Geny unikající procesu inaktivace chromozómu X, jsou u ženy karyotypu 45,X exprimovány v nesprávné, poloviční dávce ve srovnání se zdravou ženou. Příkladem takového genu je SHOX, na který jsem se soustředila ve své bakalářské práci. Haploinsuficience genu SHOX způsobuje majoritní fenotypový projev TS, kterým je malá postava a kostní abnormality. Výzkum dalších genů, odpovědných za TS, komplikuje skutečnost, že neexistuje vhodný modelový organizmus, na kterém by bylo možné TS studovat a výsledky extrapolovat na člověka. U myších samic se liší nejen samotný proces inaktivace chromozómu X, ale i fenotypové projevy s karyotypem 39,X jsou daleko mírnější než u žen s karyotypem 45,X, což lze vysvětlit skutečností, že u myši uniká procesu inaktivace chromozómu X pouze...
|
|
|
Studium exprese mutantních alel a stavu X inaktivace ve vztahu ke klinickým projevům vybraných monogenních X vázaných onemocnění
Černá, Alena ; Dvořáková, Lenka (vedoucí práce) ; Sedláček, Zdeněk (oponent)
U žen nalézáme dvojnásobný počet X-vázaných genů oproti mužům, neboť mají dva chromozomy X, zatímco muži jsou pro X-vázané geny hemizygoti. Tato nerovnováha je kompenzována v průběhu časné embryogeneze procesem X-inaktivace (XCI), tzv. primární X- inaktivace. Inaktivace chromozomu X je náhodný proces, přičemž ženy jsou mozaiky dvou buněčných populací. Poměr exprimovaných alel u žen může být náhodný (cca 50:50) nebo nevyvážený (≥80:20). K nevyvážené XCI může dojít v důsledku selekce, kdy je preferenčně inaktivována jedna z alel. V tomto případě mluvíme o sekundární XCI. V této diplomové práci jsme prováděli stanovení inaktivace chromozomu X u heterozygotních žen s různou závažností fenotypových příznaků u vybraných X vázaných dědičných metabolických onemocnění. Naším hlavním zájmem byla Fabryho choroba (deficit enzymu α- galaktosidázy A kódovaného genem GLA). Dále jsme studovali XCI u jedné rodiny s X- vázanou agamaglobulinémií. Zabývali jsme se studiem mutantních alel a stavu XCI na základě analýzy různých lokusů, různých metodických přístupů a různých tkání. Poprvé jsme využili přímou analýzu transkriptu genu GLA k detekci poměru alel. K alelově specifické expresi (ASE) jsme dále využili jednonukleotidových polymorfismů v genech IDS a LAMP2. K methyl-senzitivní restrikční analýze (MSRA) jsme...
|
|
|
Využití metody paralelního sekvenování při stanovování zešikmení X inaktivace
Veselková, Tereza ; Dvořáková, Lenka (vedoucí práce) ; Sedláček, Zdeněk (oponent)
Zešikmení inaktivace chromozomu X je často studováno v souvislosti s projevy X-vázaných onemocnění u žen, přičemž u většiny chorob není vliv míry zešikmení na fenotyp zcela objasněn. Převážná část studií pro určení poměru inaktivace chromozomů X využívá metody založené na methylačně senzitivní restrikci, nejčastěji konkrétně metodu HUMARA, která vychází z profilu methylace v genu AR. Nicméně tento způsob testování má některé své nevýhody, a proto jsou stále hledány nové metodické přístupy. V naší práci jsme ve skupině 54 žen stanovovali míru zešikmení X inaktivace z DNA izolované z krevních buněk a v některých případech také z bukálních stěrů pomocí methylačně senzitivní restrikce v lokusech AR, CNKSR2 a RP2. U 32 z těchto žen, u nichž bylo možné z krve izolovat celkovou RNA, jsme využili též metodu, která je založena na kvantifikaci transkriptu pomocí paralelního sekvenování, přičemž k analýze jsme použili polymorfismy LAMP2 c.156A>T, IDS c.438C>T a ABCD1 c.1548G>A. Nejvíce informativní metodou v námi studované skupině byla methylačně senzitivní restrikce v lokusu RP2 (71 %), a to i díky malému počtu "stutter" vrcholů vznikajících při PCR. Přibližně stejné množství žen (69 %) bylo informativních v lokusu AR. Při porovnání výsledků těchto dvou metod jsme však v některých případech zaznamenali...
|
|
|
Epigenetické mechanismy
Šornová, Veronika ; Černá, Marie (vedoucí práce) ; Koc, Michal (oponent)
Epigenetika je studium dědičných změn genové aktivity, které nejsou způsobeny změnou sekvence v DNA. Epigenetické mechanismy se mohou uplatnit na celé řadě úrovní, od transkripce až po translaci. Patří mezi ně metylace DNA, modifikace histonů, a s tím spojená modifikace chromatinu, a RNA interference. Výsledkem je změna konformace chromatinu vedoucí ke snížené nebo zvýšené expresi určitého genu, inaktivaci jednoho z chromosomů X nebo genovému imprintingu. Epigenetická regulace hraje důležitou roli v etiopatogenezi multifaktoriálních onemocnění. Na jejich vzniku se podílejí genetické predispoziční faktory (u autoimunitních chorob se jedná o geny hlavního histokompatibilního komplexu) a environmentální faktory, které působí na náš genom právě prostřednictvím epigenetických modifikací. Klíčová slova: Epigenetické mechanismy, metylace DNA, modifikace histonů, RNA interference, genomový imprinting, inaktivace chromozomu X, multifaktoriální onemocnění.
|
|
|
Turnerův syndrom a jeho souvislost s inaktivací chromozómu X
Kašíková, Lenka ; Schierová, Michaela (vedoucí práce) ; Král, Jiří (oponent)
Turnerův syndrom (TS) je genetické onemocnění žen s celosvětovou frekvencí výskytu 1:2 000. Jeho příčinou nemusí být pouze monozómie chromozómu X (45,X), nýbrž i mozaikový karyotyp (45,X/46,XX; 45,X/46,XY; 45,X/47,XXX), izochromozóm X (46,X,i(Xq)), ring chromozóm X (45,X/46,X,r(X)) nebo další strukturní aberace chromozómu X (delece a translokace). U pacientek s TS (s výjimkou pacientek s ring chromozómem) není diagnostikována mentální retardace. TS úzce souvisí s regulací exprese genové dávky, především s procesem inaktivace chromozómu X. Geny unikající procesu inaktivace chromozómu X, jsou u ženy karyotypu 45,X exprimovány v nesprávné, poloviční dávce ve srovnání se zdravou ženou. Příkladem takového genu je SHOX, na který jsem se soustředila ve své bakalářské práci. Haploinsuficience genu SHOX způsobuje majoritní fenotypový projev TS, kterým je malá postava a kostní abnormality. Výzkum dalších genů, odpovědných za TS, komplikuje skutečnost, že neexistuje vhodný modelový organizmus, na kterém by bylo možné TS studovat a výsledky extrapolovat na člověka. U myších samic se liší nejen samotný proces inaktivace chromozómu X, ale i fenotypové projevy s karyotypem 39,X jsou daleko mírnější než u žen s karyotypem 45,X, což lze vysvětlit skutečností, že u myši uniká procesu inaktivace chromozómu X pouze...
|
|
| |
host ::
RSS.